Woda gruntowa jest jednym z najważniejszych zasobów naturalnych niezbędnych do życia i z tej przyczyny jej ochrona jest sprawą wielkiej wagi.  Korzystając z wody podczas eksploatacji gazu łupkowego przy zastosowaniu szczelinowania hydraulicznego, jak również aby zapewnić integralność odwiertu oraz skał pokrywowych, a także podczas uzdatniania płynów pochodzących z procesu szczelinowania na powierzchni należy zawsze mieć na uwadze ochronę wód gruntowych.